Вот у меня сейчас немного похожая ситуация. Перезапустила маленький аквариум 35 литров, старой воды 70%, фильтр давно запущенный, на полдня пока длился перезапуск, он работал в другом аквариуме (чтобы сохранить всех бактерий), грунт сменила полностью на новый, и считала, что ничего страшного не должно быть. Конечно в старом грунте тоже были бактерии, но у меня его слой был 1 см, поэтому считаю потери колоний бактерий небольшими. Тем не менее , через неделю нитриты все же появились (у меня тесты капельные), и это при 14 мальках длиной 0,5 -0,8 см и одном анциструсе 4 см. Сейчас потери прекратил